（一）独立核算认定

一是“单独”以立项的项目（课题）为对象进行收、支、余的核算，使其经济活动区别于单位其它业务或其它项目的经济活动。

二是“规范”即单位按照所适用的会计制度、准则要求，运用恰当的会计科目，准确归集项目的收入、支出，正确反映项目的收入、支出、结转、结余等。

三是“多维度、全覆盖”即单位、课题、资金、科目。

审计要对所审计项目全部参研单位、分课题、分资金来源渠道的核算情况进行确认，在报告中对各单位的核算所使用的软件、核算方式、选用的会计科目和设置的辅助核算项目/编号等进行详细披露，并分单位确定对课题不同来源资金是否做到分别单独核算。

（二）审计失败案例

案例1：不注重明细账、记账凭证等佐证材料的相互验证

某会计师事务所审计的某课题，审计底稿中留存的明细账中梳注了项目名称，但记账凭证无课题名称、编号及资金来源等相关信息，审计未追查具体原因即认定支出能够单独核算。

案例2：其他来源资金辅助核算项目与任务相关性不明确

某会计师事务所审计的某课题，其他来源资金辅助核算项目多且与任务相关性不明确，参与单位某水产科技有限公司自筹经费报销凭证显示为“长*项目/**尾水处理/**农博园项目/**北海项目/*城项目/*安项目都项目”等多个项目，从项目名称无法直接判断是否与课题相关，审计未核实各核算项目与被审计课题的关系，认定其单独核算的依据不充分。